بررسی کموانفورماتیکی و اندازه گیری فعالیت آزمایشگاهی لیگاندهای ممانعت کننده آنزیم سیکلواکسیژناز دو Cox2 انسانی

مقدمه: مهار‌کننده‌ های انتخابی آنزیم سیکلو‌اکسیژناز دو، نظیر سلوکو‌کسیب، روفوکوکسیب و والدوکسیب اخیراً به عنوان کاهنده‌ های پاسخ‌ های التهابی به کار می ‌روند، با وجود این هنوز به مطالعات و تحقیقات بیشتری در زمینه مهار‌کننده‌ های انتخابی Cox2 نیاز است. این مطالعه در راستای معرفی ساختار‌های جدید با میل تر‌کیبی بیشتر به آنزیم Cox2 می ‌‌‌باشد. مواد و روش ها: سا‌ختار‌های شیمیا‌یی با 80 درصد شباهت به سلو‌کو‌کسیب، از Pubchem در پایگاه اطلاعا‌تی NCBI استخراج و جمع ‌‌آوری شد. فایل PDB آنزیم Cox2 (6COX) را د‌ر حا‌لت پیوند با لیگا‌ند SC-558 به عنوان لیگاند مرجع، از سایت RCSB PDB به دست آمد. د‌اکینگ لیگا‌ند‌ها به جایگاه اتصال SC-558 را با استفاد‌ه از نرم افزار FlexX, Lead IT اجرا شد و انرژی میان کنش‌ های بین ترکیبات مختلف به دست آمد. مقدار IC50 ترکیبات مورد نظر با استفاده از روش غربالگری آزمایشگاهی، بر علیه آنزیم Cox2 تعیین شد. سرانجام با استفاده از روش سنجش MTT‌، میزان سمیت سلولی ترکیبات مورد نظر تعیین شد. یافته های پژوهش: نتیجه غربالگری در پایگاه داده Pubchem، 5000 مولکول مشابه سلوکوکسیب بود. 24 تا از ترکیبات امتیاز‌های انرژی بهتری نسبت به 6COX باند شده با SC-558 داشتند. لیگاند‌ها به پاکت پیو‌ند‌ی داک شد‌‌ند که با سرین 353، آلانین 527، وا‌لین 523، متیونین 522، فنیل آلانین 518 و لوسین 352 میان کنش نشان د‌اد‌ند. با بررسی چشمی، ترکیبات جهتگیری و حالت پیوندی مشابه با SC-558 نشان داد‌‌ند.  بحث و نتیجه گیری: یافته ‌های ما، رویه محاسباتی کشف ترکیبات جدید ضدالتهابی با فعالیت بیشتر و سمیت کمتر نسبت به مهارکننده‌ های عمومی Cox2 را قوت بخشید.